南京史迹遗存众多。现存著名的古文化遗址有汤山葫芦洞古人类化石遗址、神仙洞古人类与古脊椎动物化石遗址、薛城古文化遗址、北阴阳营古文化遗址、牛头岗古文化遗址、点将台古文化遗址、湖熟古文化遗址，其中汤山葫芦洞古人类化石遗址是中国长江下游东南地区唯一发现古人类化石的地点，把南京地区人类活动的历史推溯到50万年前。公元前473年，越灭吴后，在今中华门西南侧建城，开创南京城垣史。留存至今的有：石头城遗址，为六朝城防设施遗址，是六朝时期建康外围规模最大也是最重要的城池；六朝都城遗址，城池的构造、布局、营建理念以及防御体系都具时代和地域特色，在中国古都发展史上具有承前启后的重要地位；六朝宫城遗址系魏晋南北朝时期宫城制度及建筑艺术最杰出的代表；南京明城墙以及明代京城城垣13个城门，不仅为全国城墙之最长者，也是世界上最大的砖城之一；南京地区的古墓葬有数百座，其中最著名的明孝陵，开启一代帝陵新制，是中国保存最完整的古代皇帝陵墓；千佛岩石窟是六朝时期南方佛教艺术的珍品，享有“小云岗”之称；南朝陵墓神道石刻不仅是中国古代石雕艺术杰作，也是世界艺术宝库中珍品；阳山碑材气势非凡，堪称世界第一大碑；天发神谶是东吴四大名碑之一。南京近现代历史纪念地在全国有影响、有重大意义的为数众多，如静海寺、太平天国天王府、中华民国总统府、中山陵、梅园新村、雨花台烈士陵园、渡江胜利纪念碑、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆等。