工作机构：
| 办公厅 | | 发改委 |
| 经委 | | 建委 |
| 教育局 | | 科技局 |
| 公安局 | | 监察局 |
| 民政局 | | 司法局 |
| 财政局 | | 人事局 |
| 劳动保障局 | | 国土资源局 |
| 审计局 | | 统计局 |
| 物价局 | | 工商局 |
| 质监局 | | 药监局 |
| 安监局 | | 环保局 |
| 市容局 | | 规划局 |
| 市政公用局 | | 房产局 |
| 园林局 | | 交通局 |
| 水利局 | | 农林局 |
| 商贸局 | | 外经贸局 |
| 粮食局 | | 旅游局 |
| 文化局 | | 广电局 |
| 新闻出版局 | | 卫生局 |
| 体育局 | | 计生委 |
| 宗教局 | | 人防办 |
| 侨办 | | 外办 |
| 法制办 | | 机关事务管理局 |
| 国资委 |
区县政府：
| 玄武区 | | 白下区 |
| 秦淮区 | | 建邺区 |
| 鼓楼区 | | 下关区 |
| 栖霞区 | | 雨花台区 |
| 浦口区 | | 江宁区 |
| 六合区 | | 溧水县 |
| 高淳县 |
派出机构：
| 高新技术开发区 | | 经济技术开发区 |
| 仙林大学城管委会 | | 化学工业园管委会 |
市政府直属事业局：
| 建工局 | | 档案局 |
| 经协办 | | 市农业资源开发办公室 |
市政府直属：
| 地方志 | | 贸促会 |
| 供销社 | | 社科院 |
| 南京出版社 | | 中山陵园管理局 |
| 雨花台烈士陵园 | | 地铁建设指挥部 |
| 金陵科技学院 | | 南京晓庄学院 |
| 市电大 | | 市广电集团 |
| 河西开发指挥部 | | 公积金管理中心 |
| 三桥指挥部 | | 南京红花机场建设指挥部 |
|
南京市中小企业局(原乡镇局) |
其它：
| 国税局 | | 地税局 |
| 气象局 | | |
| 出入境检疫局 | | 南京供电公司 |
群团组织：
| 市总工会 | | 团市委 |
| 妇联 | | 科协 |
| 文联 | | 侨联 |
| 台联 | | 市红十字会 |
| 残联 | | 社科联 |
| 南京市工商业联合会 |
市委机构：
| 市纪律检查委员会 | | 市委组织部 |
| 市委宣传部 | | 统一战线工作部 |
| 农村工作办公室 | | 市委政法委员会 |
| 台湾工作办公室 | | 机关工委 |
| 玄武党建 | | 白下党建 |
| 建邺党建 | | 鼓楼党建 |
| 下关党建 | | 栖霞党建 |
| 雨花党建 | | 江宁党建 |
| 浦口党建 | | 六合党建 |
| 溧水党建 | | 高淳党建 |