根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南京市机构改革方案〉的通知》(苏委[2001]143号)和《中共南京市委、南京市人民政府关于南京市市级党政机关机构改革的实施意见》(宁委发{2001]35号)的规定，保留市卫生局，为市政府主管全市卫生工作的工作部门。
一、职能调整
根据以农村为重点、预防为主、中西医并重、依靠科技与教育、动员全社会参与、为人民健康服务、为社会主义现代化建设服务的新时期卫生工作方针，对市卫生局的职能作以下调整：
(一)划出的职能
1、交给市药品监督管理局的药政、药检职能：
(1)实施国家药品管理法律、法规和拟定地方药品管理法规规章及监督实施职能；
(2)负责药品的再评价、不良反应监测职能；
(3)核发《药品经营企业许可证》(零售)和审批药品零售连锁门店；
(4)管理麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品的职能；
(5)查处违反药品管理法律、法规的行为。
2、公费医疗管理职能交给市劳动和社会保障局。
(二)划入的职能
原市劳动局承担的职业卫生监察(包括矿山卫生监察)职能。
(三)转变的职能
将卫生建设项目的具体实施、质量控制规范的认证、教材的编写、专业技术培训、考试和卫生机构、科研成果、相关产品的评审等辅助性与技术性及服务性的具体工作，交给事业单位和社会团体。
二、主要职责
根据以上职能调整，市卫生局的主要职责是：
(一)贯彻执行党和国家关于卫生工作的方针政策和法律、法规，组织实施国家卫生标准和技术规范，研究拟定地方性卫生法规、卫生标准和技术规范并组织实施。
(二)研究提出全市卫生事业发展规划、区域卫生规划和社区卫生服务规划并组织实施；研究拟定全市卫生人才发展规划并组织实施。
(三)编制卫生事业经费的预算、决算；研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门指导全市医疗卫生收费管理并监督检查。
(四)贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定并实施对人群健康危害严重疾病的综合防治规划；组织实施医学康复工作。
(五)研究制定并组织实施全市农村卫生、妇幼卫生和提高出生人口素质工作发展规划和政策措施，组织指导和监督初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。
(六)指导全市医疗机构改革；实施医疗机构、从业人员和临床新技术的许可制度；组织实施关于医务人员执业标准、医疗质量标准、医疗安全管理规范、服务规范和职业道德规范；承担市医疗事故技术鉴定委员会的日常工作。
(七)研究制定和实施全市重点医学科技、教育规划和医学重点专科建设规划，组织重点医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作。
(八)贯彻国家药品监督法律、法规，做好医疗机构中有关药事管理工作；依法监督管理采供血及临床用血质量。
(九)监督管理全市传染病防治和职业病防治以及食品、职业、环境、放射和学校卫生工作；依法对食品等健康相关产品实施许可和监督管理，并负责健康相关产品检验机构的认证。
(十)贯彻中西医并重的方针，研究拟定并组织实施中医药事业发展规划；管理和指导全市中医和中西医结合工作。
(十一)承担市政府血吸虫病、地方病防治领导小组的日常工作。
(十二)组织指导全市医学卫生领域对外的双边、多边合作交流，组织实施援外医疗工作，组织参与国际组织在卫生领域的交流与合作。
(十三)负责管理全市医疗救护和疾病预防控制工作，组织调度全市卫生技术力量，协助各级政府和有关部门对重大突发事件、突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延。
(十四)负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；按照规定管理有关干部的医疗工作。
(十五)负责局机关和局直属单位的组织、宣传、统战、纪检、监察、机构编制、人事、劳动工资及群团等工作。
(十六)承办市委、市政府交办的其他事项。
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